يعتمد الهيكل التنظيمي للهيئة على تنظيم هرمي واضح يبدأ برئيس الهيئة، ويتفرع إلى إدارات رئيسية متخصصة تتولى تنفيذ المهام الأساسية وفق اختصاصاتها، بما يضمن وضوح المسؤوليات وتسلسل الصلاحيات وسهولة المتابعة والتقييم. وتضم كل إدارة أقسامًا تنفيذية تسهم في رفع كفاءة الأداء وتحسين جودة الخدمات وتنسيق سير العمل بين الوحدات المختلفة. كما يتضمن الهيكل عددًا من المكاتب والوحدات المساندة المرتبطة مباشرة برئيس الهيئة، لتقديم الدعم الفني والإداري والاستشاري، وتعزيز الرقابة والتنسيق المؤسسي، بما يحقق سرعة الاستجابة ودقة اتخاذ القرار. ويأتي هذا التنظيم في إطار دعم الحوكمة المؤسسية ورفع مستوى التكامل لتحقيق أهداف الهيئة بكفاءة وفاعلية.